通关主线剧情后，玩家可在纲手家旁与自来也对话触发二周目内容，通过特定条件可将影分身数量提升至10个，这是挑战高难度boss的核心优势。二周目新增的幻影模式中，佐助作为最终boss拥有极快的移动速度和多重分身技能，建议优先收集全地图的赤蛤蟆以解锁隐藏增益效果。商店与特定NPC互动可获得影分身+1道具和替身术忍技，这些资源需合理规划使用。
鬼鲛与宇智波鼬的联合战是二周目最具挑战性的战斗之一，鼬的防御力较低但后期会释放双重分身苦无与大爆炸组合技。当鼬血量降至一定程度时，建议保持场地中央观察分身动向，利用冲刺无敌帧躲避攻击后迅速反击本体。鬼鲛的蓄力大斩有明显前摇，三连击后需立即位移，螺旋丸仍是最高效的输出手段。注意战斗区域内的封印阵需及时用解印忍技处理。
大蛇丸战有时间限制机制，7分钟内需完成三个阶段攻击。第一阶段他会释放毒雾和封印术，需提前准备异常状态解除药剂。当其血量下降至阈值时会召唤三个罗生门，应操控影分身牵制蛇分身，本体集中攻击门体。最终阶段大蛇丸本体出现时会连续使用地突刺，保持移动并使用大玉螺旋丸触发剧情杀是关键。该战建议携带足够查克拉回复道具。
佐助的幻影模式具备五种属性变化，雷遁状态下需避免近身，火遁时注意豪火球的范围预警。当佐助结印准备千鸟时，系统会提示使用替身术忍技规避。战斗场地边缘的查克拉木桩可被击打回复，但需注意佐助的分身会优先破坏这些资源。推荐在分身数量最大化时发动猿飞阵法，利用重力领域控制其移动空间。胜利后可获得专属忍具雷刀·牙的强化部件。
天地桥战役中，迪达拉与蝎的傀儡组合会持续释放范围爆炸，建议保留至少两个影分身负责清理空中黏土炸弹。当蝎释放三代风影傀儡时，需快速切换至刚力忍技破坏铁砂结界。该战药品消耗较大，建议在基地裂缝前的存档点做好补给。最终追击阶段会出现三个岔路，选择右侧道路可获取包括左井日记在内的隐藏物品，这些物品会影响后续剧情分支。
二周目新增的忍者考试取消了回血机制，但通关后能获得影分身强化卷轴。演习场中央的NPC处可重复挑战考试，每次胜利会提升敌人强度并掉落稀有素材。所有二周目boss战都继承了前作的三击倒地机制，可采用两段普攻接位移的古典战术。密码输入系统与通灵兽解锁相关，需在纲手家旁与特定角色交互获取提示。
